叛军在少年三国志中属于特殊副本玩法，主要分为固定时间刷新和随机遭遇两种形式。固定刷新时间为每日12:00-14:00和18:00-22:00两个时段，其中中午时段消耗1个征讨令无额外加成，晚间时段消耗2个征讨令但可获得功勋加成。随机遭遇则会在普通副本中概率出现，击败后可获得银币、装备碎片等基础奖励，每日挑战次数仅受征讨令数量限制，该道具每小时恢复1个，每日自然恢复约十几个。
针对叛军的阵容搭配需遵循特定策略。首先需移除治疗型武将如华佗，替换为袁绍等增益型角色。面对董卓或于吉这类攻击后排的叛军阵型时，建议采用三前排主力输出加一个强力单体输出的组合。骑兵阵容在应对持续召唤型叛军时表现突出，可选用马超、公孙瓒等骑兵武将。核心输出武将应优先配置红色武器并精炼至45级，辅助将天命等级保持低于主将3-4级，确保资源集中投放于核心角色。
部分叛军开场会施加全体高额伤害，需部署召唤系武将分摊伤害；存在护盾机制的叛军需在规定时间内破盾，否则会触发秒杀效果；迟缓类技能会影响非骑兵单位移速，需针对性调整阵容。军师技能的选择尤为关键，张宝的晕眩效果可有效控制后排，荀彧的水遁则能抵御重骑突进，根据叛军特性灵活切换军师可显著提升胜率。
虽然午间和晚间时段的征讨令消耗差异不大，但午间需消耗更多体力丹刷取令牌，而晚间功勋加成更适合集中攻坚。挑战成功后，叛军发现者和最后一击者可额外获得元宝奖励，需在领奖中心手动领取。每日功勋排行榜前200名可获得战功，用于商店兑换珍稀道具，但需注意每日24点功勋值会清零重置。
主力输出建议觉醒至5星，辅助将保持2星即可；宝物精炼优先攻击属性，防御类精炼10阶便足够；培养丹应全部投入核心武将。叛军商店可兑换天命石等关键资源，但需合理规划兑换优先级。110级后将解锁高阶叛军副本，奖励质量显著提升，这是战力成长的重要分水岭。
开场阶段应观察叛军阵型特点，针对性调整站位；中期需注意技能释放时机，优先破除关键护盾或召唤物；残血阶段保留爆发技能争取最后一击奖励。演武场中的流派兵典关卡可获取张角碎片，其中野兽流阵容对抗叛军效果显著。长期规划方面，建议保持每日基础资源获取，逐步完善叛军特化阵容的养成体系。
