口袋妖怪火红作为经典的重制版本，保留了初代关都地区的神兽捕捉机制。游戏中最具代表性的三神鸟——急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟均可通过特定方式捕获。急冻鸟位于双子岛深处，玩家需携带会冲浪技能的宝可梦前往19号航道，抵达后需按正确顺序推动岩石堵住瀑布水流才能进入栖息洞穴。闪电鸟栖息在10号道路北端的无人发电厂最深处，无需特殊条件但建议准备地面系宝可梦抵抗其电系技能。火焰鸟则位于1号岛灯火山山顶，需先掌握怪力术移开拦路巨石才能抵达。
超梦作为剧情核心神兽，需在通关后前往华蓝洞窟最深处捕捉。该洞穴入口位于华蓝市西北方向，内部迷宫结构复杂且野生宝可梦等级较高，建议携带闪光术和充足回复道具。部分隐藏神兽如洛奇亚和凤王需要通过特殊事件触发，前者在3号岛右侧草丛随机遭遇，后者则出现在1号岛下方特定区域。这些神兽的捕捉难度普遍高于常规传说宝可梦，等级均在50级以上。
游戏中期即可在特定地点捕获三神鸟，但需满足基础条件。急冻鸟的捕捉需要完成双子岛推石谜题，该谜题存在固定解法，错误操作可能导致需要重置地图。闪电鸟所无人发电厂可直接进入，但内部布满电系训练家，建议提前准备克制队伍。火焰鸟的栖息地灯火山需先完成七岛剧情解锁，山顶区域存在火焰地形伤害，携带防灼伤道具可降低探索难度。
神兽战斗机制遵循特殊设定，所有传说宝可梦均不会因剧情需要被击败而消失，玩家可反复挑战直至捕捉成功。推荐携带具有刀背打技能的宝可梦将神兽血量控制在1点，配合催眠或麻痹状态可大幅提升捕获率。高级球和计时球是理想选择，前者对高等级目标有加成，后者随战斗回合增加捕获概率。注意神兽在低血量时可能使用恢复类技能，建议携带黑眼神或特性影子标记防止逃跑。
代欧奇希斯需在九岛完成拼图事件后出现，而三圣柱则需要分别满足特定天气条件。冰神柱在双子岛滑冰场需完成特定滑行路线才会现身，岩神柱和钢神柱分别出现在1号岛草地与无人发电站特定区域。这些神兽的捕捉不仅考验队伍强度，更需要玩家对地图机制的理解，部分事件需要完成二周目内容才能解锁。
神兽培养价值体现在其远超普通宝可梦的种族值和专属技能。急冻鸟的暴风雪、闪电鸟的打雷、火焰鸟的神圣之火均具有高威力与特效，超梦的精神干扰更是游戏中最强超能力系技能之一。所有神兽都无法通过生蛋获得，个体值完全随机，追求完美属性的玩家可能需要多次重置存档。神兽的技能学习面相对较窄，建议通过技能机补充打击面，电系技能机对急冻鸟、冰系技能机对闪电鸟都有显著战术价值。
